Hvad, der gemmer sig i majsensilagen af gode og dårlige mikroorganismer, er svært at forudsige på forhånd, hvis majsen er ubehandlet, lyder det fra Lallemand.
Mange producenter og konsulenter mener, at majsensilage naturligt vil ensilere ganske tilstrækkeligt på grund af det høje sukkerindhold og lave proteinindhold.
Fremkomsten af nye DNA-analysemetoder såsom metagenomics tyder imidlertid på, at majsensilage ikke er anderledes end andre ensilager, når man forsøger at producere ensilage af bedste kvalitet.