En af udfordringerne med Bovaer er, at det virker så momentant, lyder det fra forsker på AU. Han peger også på vigtigheden af, at brugen af Bovaer dokumenteres, og den enkelte landmand skal krediteres for brugen af Bovaer.
Implementeringen af Bovaer som klimavirkemiddel i Danmark rejser flere spørgsmål. Ét af dem er, hvordan landmænd kan dokumentere brugen af Bovaer og få credit for reduktionen i metanudledningen.
Aarhus Universitet arbejder således på at integrere data om Bovaers brug i de nationale emissionsopgørelser for at sikre, at landmænd anerkendes for deres indsats.